2030年，神秘武器公司S崛起，公司的产品和客户一直是个谜。主角，从S公司的某处基地醒来，发现自己记忆全失并获得一种时间控制能力。幸好在身边一位名叫Nova的谜之少女的相助下，主角突破了敌人的包围。现在主角的任务很简单，就是彻底突入S公司深处并找回自己的身份和记忆。S公司的最大秘密也随之缓缓展开。